Năm 2003, Doherty chủ trò trên kênh Sci Fi Channel trong Scare Tactics trong phần một.[10] Để đánh dấu cho sự trở lại thời hoàng kim với thể loại phim kịch, cô xuất hiện thường xuyên trong bộ phim truyền hình ngắn North Shore. Cô thủ vai Alexandra Hudson (2004–2005). Năm 2005, Doherty được phân vai trong bộ phim hài Love Inc. sau đó bỏ vai sau khi diễn bản thử.

Năm 2006, cô bắt đầu sản xuất và tham gia show truyền hình riêng, Breaking Up With Shannen Doherty. Show truyền hình được công chiếu trên kênh Oxygen network.

Shannen cũng tham gia hàng loạt tập của phim hài kịch tình huống nổi tiếng của Anh Bo! in the USA.[cần dẫn nguồn] Cô xuất hiện với tư cách khách mời. Nhân vật này bị Avid Merrion (Francis) quấy rối và tự công bố họ là đôi tình nhân. Show truyền hình lên sóng vào tháng 10 năm 2006 trên kênh Channel 4 của Anh.

Năm 2007, Doherty xuất hiện trong 2 dự án truyền hình bao gồm Kiss Me Deadly: A Jacob Keane Assignment cho kênh here! và phim giáng sinh Christmas Caper cho đài ABC Family. Cùng năm, Shannen thành lập công ty sản xuất "No Apologies" và cô đồng thời sản xuất một phim kịch cho chính mình. Năm 2007, Shannen đứng thứ 96 trong danh sách 100 Biểu tượng Truyền hình Lớn Nhất trên Entertainment Weekly. Năm 2008, Doherty xuất hiện trong một show truyền hình của Thụy Điển, High Chaparall, trong tập 2 của phần 4.